Tíz évvel a Baljós árnyak cselekménye után a Galaktikus Köztársaság hatalmas krízisben van: egy része a rendszernek, Dooku gróf (egy volt jedi lovag) vezetése alatt azzal fenyegetőzik, hogy kilép a Köztársaságból. Egy sikertelen gyilkossági kísérlet után, amelynek célpontja Padmé Amidala volt (szenátor és a Naboo bolygó volt királynője), Obi-Wan Kenobit és Anakin Skywalkert a jedi tanács testőreiként jelöli ki. Mialatt a gyilkosokat követi, Kenobi rátalál egy titkos klóngyár nyomaira, amelyet valaki régen a Köztársaság részéről rendelt meg. Közben Amidala és Skywalker egymásba szeretnek. Kenobi megtalálja a gyilkost Jango Fett személyében, aki Dooku grófnak dolgozik. Dooku éppen egy robothadsereget épít, a Kereskedelmi Szövetség támogatásával. Hogy ezt a támadást elhárítsa, Palpatine Legfelsőbb Kancellár vészhelyzeti hatalmat kap és hadsereget toboroz, amely a klónokból fog állni. A szeparatisták visszavonulásra kényszerülnek, de a jedik nagy veszteségeket szenvednek és a galaxis belemerül a polgárháborúba, amit Dooku és Darth Sidious rendeztek meg.