Qui-Gon Jinn csak említés szintjén szerepel A Sithek bosszújában, ám többek közt a regényváltozat árulkodik róla, hogy eredetileg neki is jutott volna szerep. Az alábbi (kimaradt) jelenetet a végleges forgatókönyvben találjuk - a helyszín Polis Massa, Yoda a megfigyelőkupola alatt ül és meditál.

Yoda:
Nem tudtam megállítani a Sith nagyurat. Sokat kell még tanulnom.

Qui-Gon:
Türelem! Lesz időd. Nem úgy, mint nekem. Amikor eggyé váltam az Erővel, hatalmas felfedezést tettem. A tanításommal képes leszel rá, hogy akaratod szerint válj eggyé az Erővel. A fizikai valód elenyész, de megőrzöd a tudatod. Nagyobb lesz a hatalmad bármelyik Sithénél.

Yoda:
Örök létezés.

Qui-Gon:
A képesség, hogy dacoljunk az elmúlással, megszerezhető, de csupán önmagunk számára. A whillek egyik sámánjának sikerült elsajátítania. Ez az állapot nem a kapzsiság, hanem a könyörületesség révén érhető el.

Yoda:
Eggyé válni az Erővel, s mégis létezőnek maradni... ez mindennél nagyobb hatalom.

Qui-Gon:
Meg fogod tanulni, hogy lemondj mindenről. Nincs ragaszkodás, nincs önzés. Nincs testi létezés.

Yoda:
Hatalmas Jedi-mesterré váltál, Qui-Gon Jinn. Örömmel válok tanítványoddá.

Yoda még egy percig elgondolkodik ezen, aztán Bail Organa lép a terembe, és megtöri a meditációját.

A jelenet bővebb leírással és párbeszéddel szerepel a regényváltozatban, ezáltal mégjobban beavat bennünket az Erő misztériumába.

"A kupola alatt Yoda ült. Nem nézett a csillagokra.
Nagyon sokáig ült.
Az önismerethez vezető ösvény még csaknem kilencszáz esztendő után is göröngyös volt ahhoz, hogy véres sebeket okozzon neki.
Szelíd hangon beszélt, de nem magához.
Bár senki nem ült mellette, nem volt egyedül.
– Kudarcot vallottam. Cserben hagytam a Jediket.
Az Erőhöz beszélt.
És az Erő válaszolt neki. Ne vádold magad, öreg barátom!
Ahogy az elmúlt tizenhárom év alatt mindannyiszor, az Erő most is Qui-Gon Jinn hangján szólt hozzá.
– Túl öreg lettem – mondta Yoda. – Túl merev. Túl arrogáns, hogy észrevegyem: a régi út nem az egyetlen út. Úgy neveltem a Jediket, hogy olyanná váljanak, mint azok a Jedik, akik engem tanítottak hosszú évszázadokkal ezelőtt... de azok az ősi Jedik más korban éltek. A galaxis megváltozott. A Rend viszont nem változott, mert nem engedtem, hogy megváltozzék.
Könnyebb mondani, mint megtenni, barátom.
– Végtelen rejtély az Erő. – Yoda felszegte fejét, s tekintetét a némán forduló csillagokra emelte. – Sokat kell még tanulnom.
Lesz időd, hogy megtanuld.
– Végtelen tudás... – Yoda megrázta a fejét. – Végtelen időt kíván.
A segítségemmel megtanulhatod, hogyan válj eggyé az Erővel úgy, hogy megőrzöd a tudatod. Örökké egyesítheted vele a fényedet. Idővel talán a fizikai valódat is.
Yoda nem mozdult. – Örök élet...
A Sithek fő célja, mégsem érhetik el soha. Csak a teljes lemondás révén érhető el, nem önmagunk felmagasztalásával. A könyörületesség vezet el hozzá, nem a kapzsiság. A szeretet a válasz a sötétségre.
– Eggyé válni az Erővel, s mégis létezőnek maradni... – tűnődött Yoda. – Ez mindennél nagyobb hatalom.
Nem garantálható, de megtanítható. Ha szeretnéd, megtanulhatod.
Yoda lassan bólintott. – Hatalmas Jedi-mesterré váltál, Qui-Gon Jinn. Mindig remek mester voltál, én pedig túl vak, hogy ezt észrevegyem.
Felemelkedett, összekulcsolta maga előtt a karját, és a Jedik szertartásos módján fejet hajtott. Ez a tanítványok tiszteletteljes mozdulata volt mesterük jelenlétében.
– Örömmel válok tanítványoddá."

A párbeszéd annak ellenére nem került a filmbe, hogy kezdetektől része volt a forgatókönyvnek, igaz, a helye változott. A forgatókönyv első vázlata szerint Qui-Gon és Yoda beszélgetése nem Polis Massán, hanem Kashyyykon zajlott volna, közvetlenül azután, hogy Yoda hologram formájában részt vesz a Jedi Tanács ülésén. A dialógusnak ebben a korai változatában Yoda azt szeretné megtudni, mi fogja okozni a Jedik pusztulását, ám Qui-Gon nem tudja megadni a választ, mivel az Erő nincs egyensúlyban.

Hogy Lucas pontosan mikor határozott úgy, hogy a jelenetnek nincs helye a filmben, nem tudhatjuk, de az bizonyos, hogy az I. Epizódban Qui-Gon Jinnt alakító Liam Neesonnal nem készítettek hangfelvételeket A Sithek bosszúja számára.

Volt azért olyan elképzelés is, ami szerint Qui-Gon Jinn szellemalakként is megjelent volna a filmben, bár az ötlet nem Lucasban merült fel. Csupán a látványtervező csapat egyik-másik tagja játszott el a gondolattal.
Az ötlet gazdája Iain McCaig volt, de Erik Tiemens és Ryan Church dolgozta ki a lehetséges jelenet látványterveit 2003 első napjaiban. Az elképzelt jelenetben Qui-Gon nem Yodának, hanem Obi-Wannak jelent volna meg, méghozzá az Utapaun, a Nos szörny barlangjában. Ez az a barlang, ahol Kenobi felbukkan a vízből, miután saját klónkatonái rátámadnak és Bogával együtt a mélybe zuhan.
Church és Tiemens a látványtervek elkészítésekor A Birodalom visszavág Dagobah-i barlangjelenetét vette alapul, melyben Luke Skywalkernek jelenik meg egy látomásban Darth Vader alakja. Tiemens részletesen kidolgozta a barlang felépítését és Obi-Wan útvonalát. Kenobi az elképzelés szerint a szörny barlangjából egy szűk járaton át távozott volna, és így jutott volna át abba az üregbe, ahol megjelenik neki egykori mestere. Qui-Gon utasítása Obi-Wan számára: menjen a Mustafarra, és állítsa meg Anakint – természetesen csak a látványtervezők ötletelésében.

Amikor a képek Lucas kezébe kerültek, a rendező határozottan visszautasította azokat. A jelenet ütközött a lucasi koncepcióval, amit az előző két idézetből nagyjából megismerhettünk, és amit ő maga röviden a következőképp interpretál: "Soha nem látjuk Qui-Gon szellemét. Ő nem jutott el erre a szintre. Képes megőrizni a személyiségét, de a szelleme nem tud testi alakot ölteni."

Végül ne menjünk el szó nélkül egy mondat mellett, amely csak a forgatókönyv dialógusában lelhető fel – Qui-Gon Jinn a "whillek" (Whills) egyik sámánjáról beszél. Hogy kik vagy mik azok a whillek, annak valószínűleg egy külön cikket szentelhetnénk, annak ellenére, hogy nem ismerjük a pontos választ. George Lucas kezdetektől használja ezt a nevet, különösebb magyarázat nélkül, így csak annyi biztos, hogy a whilleknek mindenképp fontos szerepe van az ő univerzumában.
Aki ismeri az Új remény korai forgatókönyv-változatait vagy olvasta annak regényváltozatát, találkozott már a "Whill Krónikák" nevével (Journal of the Whills). Ezek azok a krónikák, melyekben – Lucas fantáziája szerint – fennmaradt a Csillagok háborúja története. A Csillagok háborúja 1972-ben készült első vázlata is ezt a címet viselte.
J. W. Rinzler The Making of Star Wars Revenge of the Sith című könyvében találunk néhány idevágó mondatot a rendezőtől, melyeket a film forgatásának első napján jegyzett le a szerző. R2-D2 első jelenetének forgatására készülve George Lucas Rob Coleman animációs rendezőnek mesél arról, miért szemtanúja Artu a történet szinte minden fontos eseményének. R2-D2 az – mondja Lucas –, aki A Jedi visszatér eseményei után száz évvel elmeséli a Skywalkerek történetét a Whill Krónikák lejegyzőjének (Keeper of the Whills).
A sámán, akit Qui-Gon említ, múltbéli személy – lehet a krónikás egyik elődje, de az is lehet, hogy egy whill nevezetű népcsoport tagja. Az biztos, hogy spirituális személy, hiszen rálelt az örök élet titkára. Megválaszolatlan kérdés viszont, hogy Qui-Gon még életében találkozott-e akár vele, akár a felfedezéssel, amit tett, vagy pedig már a túlvilágon szerezte róla szóló ismereteit.
Egy biztos: a whillek – bárkiket is értsünk e név alatt – a Star Wars-univerzum történetének passzív szemlélőiből aktív részeseivé, formálóivá váltak... még ha csak egy kimaradt jelenetben is.