A cselekmény időpontja 19 YE, a klónháborúk befejezése után (a galaktikus méretű konfliktus, amely három éve a Geonosis bolygón kezdődött). A Független Rendszerek Konföderációja a Sith Dooku gróf vezetése alatt elrabolja Palpatine Legfelsőbb Kancellárt a Coruscant bolygóról.

A szeparatista hadsereget menekülés közben a hatalmas Köztársasági Flotta elfogja. A jedi csillagrombolók felkészülnek a Kereskedelmi Szövetség űrhajóival való harcra.

Két jediűrhajó egyenesen a fő Szövetségi űrhajóra támad (ez volt Palpatine börtöne). A pilótának (Obi-Wan Kenobi és volt tanítványának Anakin Skywalker) nagyon sok akadályon kell átverekednie magát.

Amint az ellenséges űrhajóhoz érnek, a jedilovagok a hangáron keresztül utat törnek maguknak a parancsnoki hídhoz. Végül elérik Palpatinet is. Obi-Wan és Anakin megtámadják Dooku grófot, azonban a jedimester eszméletvesztése után Anakin egyedül marad a harcban és végül Palpatine parancsára megöli a gonosz Sith grófot. Palpatine egekig magasztalja Anakin erőfeszítéseit, de a szabadításnak még nincs vége. Az űrhajó irányíthatatlanul Coruscant fele zuhan, a Jedik csak nehezen tudnak vele landolni.

A Köztársaság szenátorai gratulálnak Palpatinenak szerencsés megmeneküléséért, de hamarosan újra a háború felé terelődik figyelmük. Mivel Dooku meghalt, joggal hiszik azt, hogy a háborúnak vége és így Palpatine nem igényelheti többet a vészhelyzeti hatalmat, amit a geonosisi csata előtt a Szenátus megadott neki. Palpatine azzal érvel, hogy Grievous tábornok még mindig veszélyt jelent a Köztársaság számára és biztosítja a szenátorokat, hogy a Jedi Tanács majd tisztázza a dolgokat.

Míg Obi-Wan Kenobi Grievous tábornok után megy, Palpatine új megbízatást ad Anakinnak: ő lesz a Kancellár személyes testőre, amit Anakin elfogad, bár ez a Jedi Tanácsnak nem tetszik.

Időközben a Jedik kezdik feltárni a Sithek titkait és Anakin Skywalker lovag rájön a szörnyű valóságra: a klónháború értelmi szerzője Darth Sidious nem más, mint maga Palpatine! Ezt az igazságot megosztja Mace Winduval is. Windu, néhány másik jedilovaggal együtt (Kit Fisto, Saesee Tiin és Agen Kolar) Palpatinet szembesíti a tényekkel, aki ekkor felfedi igazi énjét: ő a Sithek sötét ura. Windu kísérőit megöli és Mace Windu egyedül marad a harcban. Anakin a párbajt csak messziről figyeli. Olyan választásra kényszerül, ami a galaxis sorsát örökre megváltoztathatja: teljesítse-e testőri kötelességét és segítségére siessen-e Palpatinenak, vagy jedilovag mivoltában Mace Windu oldalára álljon? Végül a választás elkerülhetetlen és mikor Windu épp megölné Sidioust, Anakin levágja a Jedi kezét, a sötét nagyúr pedig az Erő-villámokkal kirepíti Windut az ablakon. Ettől a pillanattól fogva Anakin a sötét oldalon áll.

Obi-Wan Kenobi az Utapau bolygón landol és a bolygó segítőkész kormányzójával, Tion Medonnal találkozik. A fogadása után szembekerül Cody parancsnokkal és végigüldözi Grievous tábornokot Utapau barlangjain. A végső párbajban Grievous több fénykarddal is harcol. Végül Obi-Wan Kenobinak sikerül végzetes csapást mérnie ellenfelére.

Közben a Coruscant bolygón Anakin azt a feladatot kapja, hogy a Szövetség utolsó vezéreit is eltávolítsa, akik a Mustafar bolygóra menekültek. Itt Anakinnak sikerül Palpatine utolsó ellenfeleivel is leszámolnia, akik ellenálltak volna terveinek.

Palpatine új világrendje sikeres, mert a Galaktikus Köztársaság átalakul a Galaktikus Birodalommá. Mint császár, utasítja a klónhadsereget, hogy lázadjanak fel jedivezéreik ellen. A Kashyyyk bolygón Palpatine Birodalma learatja első győzelmét, amikor a klónok a wookie-k és a jedik szövetséges hadseregét legyőzik. Yoda mester csak Chewbacca segítségével menekül meg.

Obi-Wan követi volt tanítványát, Anakint a Mustafar bolygóra, ahol szembesíti tetteivel, de a sötét oldal teljesen magához ragadja a fiatal lovagot. Megtámadja a jedimestert és egy kemény csata kezdődik el a láva fölött. Végül Anakin a fortyogó lávába zuhan megcsonkítva. Visszaszerezve Anakin fénykardját, az elkeseredett Obi-Wan elhagyja a bolygót.

A jedik most már a Birodalom ellenségei és Obi-Wannak fel kell vennie a Ben Kenobi álnevet. Hasonlóan Bail Organa szenátor is menekülésre kényszerül és Kenobival találkozik.

Ezalatt Padmé Amidala ikreket szül, Luke és Leia Skywalkert. A Birodalom miatt Amidala és Bail Organa terveket szőnek, hogy elrejtsék az ikreket.

Ezalatt egy szupertitkos helyen Darth Sidious egy különleges tervet felügyel. Egy új harcos születik, egy hatalmas sötét Úr, aki képes az utolsó jedilovagokat is kiirtani. Az új veszély neve Darth Vader... valamikor Anakin Skywalker volt a neve, de a hajdani jó embert már teljesen elemésztette a sötét oldal.

A Skywalkereket közben elrejtik. Leiat az Organa-család fogadja örökbe az Alderaan bolygón, míg Luke-ot Owen és Beru Lars neveli a Tatooine-on. Ben megfogadja, hogy vigyázni fog a fiúra és visszavonul a Jundland sivatagba. Yoda eltűnik a Dagobah bolygón, hogy megvárja az időt, amikor az utolsó jedit felkészítheti.

Közben a Coruscant bolygón Palpatine császár és Darth Vader egymás mellett állva végignéznek a Galaktikus Birodalom egységein és az épülő Halálcsillagon. A galaxis egy új, sötét időszakába érkezett... Azért annyira nem sötét, hogy minden fényt elnyeljen, hiszen egy nap egy új remény ragyog majd fel...